Les attaques contre l'évolution de la part de croyants religieux conservateurs incluent souvent l'affirmation selon laquelle il n'existe aucune preuve tangible de l'évolution réelle. De nombreuses personnes sont influencées par de telles affirmations, en partie parce que même si les affirmations peuvent être formulées de manière spectaculaire et aisée, les réfutations prennent nécessairement du temps, sont théoriques et beaucoup moins dramatiques. La vérité, cependant, est qu’il existe de nombreuses preuves de l’évolution. La différence entre les structures analogues et homologues fournit aux athées (et aux théistes qui acceptent l’évolution) un moyen intéressant de décrire les preuves d’une évolution venant de deux directions.
Structures analogues / convergentes
Certaines caractéristiques biologiques sont analogues (également appelées "convergentes"), ce qui signifie qu'elles remplissent la même fonction chez différentes espèces mais qu'elles ont évolué indépendamment plutôt que du même matériel embryologique ou des mêmes structures chez un ancêtre commun. Un exemple de structure analogue serait les ailes des papillons, des chauves-souris et des oiseaux.
Un autre exemple important serait le développement d'un œil de type caméra chez les mollusques et les vertébrés. Cet exemple de structures analogues est particulièrement utile car l'une des affirmations les plus répandues des créationnistes religieux est qu'un élément aussi complexe qu'un œil n'aurait pas pu évoluer naturellement: ils insistent sur le fait que la seule explication viable est un concepteur surnaturel ( est toujours leur dieu, même s’ils l’admettent rarement).
Le fait que les yeux d'espèces différentes soient des structures analogues prouve non seulement que l'œil peut évoluer naturellement, mais qu'il a en fait évolué plusieurs fois, de manière indépendante et de manière légèrement différente. Il en va de même pour d'autres structures analogues, car certaines fonctions (comme être capable de voir) sont tellement utiles qu'il est inévitable qu'elles évoluent à terme. Aucun être surnaturel, qu'il soit dieux ou non, n'est nécessaire pour expliquer ou comprendre comment les yeux ont évolué plusieurs fois.
Structures homologues
Les structures homologues, en revanche, sont des caractéristiques communes aux espèces apparentées car elles ont en quelque sorte été héritées d'un ancêtre commun. Par exemple, les os des nageoires avant d'une baleine sont homologues des os d'un bras humain et les deux sont homologues des os d'un bras de chimpanzé. Les os de toutes ces différentes parties du corps d'animaux différents sont fondamentalement les mêmes os, mais leurs tailles sont différentes et ils remplissent des fonctions légèrement différentes chez les animaux où ils se trouvent.
Les structures homologues fournissent des preuves de l'évolution, car elles permettent aux biologistes de retracer le chemin évolutif de différentes espèces, en les reliant dans le plus grand arbre évolutif qui relie toute vie à un ancêtre commun. De telles structures sont également des preuves solides contre le créationnisme et le Design intelligent: s'il y avait une divinité qui a créé toutes les espèces, pourquoi utiliser les mêmes éléments de base à plusieurs reprises dans différentes créatures pour différentes fonctions? Pourquoi ne pas utiliser de toutes nouvelles pièces spécialement conçues pour des objectifs spécifiques et différents?
Certes, une "main plus parfaite" et un "flipper plus parfait" pourraient être créés s'ils étaient basés sur des pièces conçues pour leur usage spécifique. Au lieu de cela, ce que nous avons en réalité sont des parties du corps imparfaites et elles sont imparfaites en partie parce qu'elles sont toutes dérivées d'os qui existaient à l'origine pour des raisons totalement différentes. Les os ont été adaptés, sur de longues périodes de temps, à de nouveaux objectifs dont ils avaient besoin pour réussir à peine. L'évolution exige seulement qu'on soit meilleur que ses concurrents, pas que l'on soit le meilleur qui soit théoriquement possible. C'est pourquoi les caractéristiques et les structures imparfaites sont la norme dans le monde naturel.
En fait, on peut dire que le monde biologique tout entier est composé de structures homologues: toute la vie repose sur les mêmes types de nucléotides et les mêmes acides aminés. Pourquoi? Un concepteur parfait et intelligent pourrait facilement créer la vie à partir d’une variété d’acides aminés et de structures d’ADN, tous spécifiquement adaptés à des objectifs particuliers. La présence des mêmes structures chimiques dans toute la vie est la preuve que toute la vie est liée et développée à partir d'un ancêtre commun. Les preuves scientifiques sont sans équivoque: aucun dieu ni aucun autre concepteur n’a joué un rôle dans le développement de la vie en général ni dans la vie humaine en particulier. Nous sommes ce que nous sommes à cause de notre héritage évolutionnaire, et non à cause des désirs ou de la volonté d'aucune divinité.
